キャプチャー法とアンプリコン法いずれにも適応
全ゲノムシークエンシングは大きなコストと長い作業時間を伴い、大きなデータを保存することも必要になります。ターゲットエンリッチメント法はこれらの問題を解決するために開発された技術で、ゲノムの特定領域だけを解析したい研究者に有用です。この方法により、コストの大幅低減だけでなくデータ解析も容易になります。
NGS用ターゲットエンリッチメントは、主にハイブリダイゼーションキャプチャー法とアンプリコン法の2種類です。GenScriptでは、分子生物学分野での受託サービスおよび製品販売で培ってきた総合的かつ豊富な経験を活かし、研究者の要望を満たすターゲットエンリッチメントの多様なソリューションを提供しています。
弊社は、de novo DNA合成サービスで培われた専門知識、および半導体を基盤とする電気化学的方法によるオリゴ合成に関する専門的技術を有しています。これらを活用することで、ターゲット遺伝子のDNAライブラリ用キャプチャープローブの綿密なデザインを実現し、正確なプローブライブラリを合成し提供することが可能になっています。
127種類の遺伝子に対してデザインされた市販のプローブ約8,000種類の塩基配列を基に、半導体チップ上で120 merのdsDNAキャプチャープローブを合成しました。比較対照品として、T社のカラムにより合成された同じ塩基配列のssDNAプローブを用いました。サンプルDNAは市販の標準品から作製し、各DNAキャプチャープローブパネルを用いて800 kbのターゲット領域をエンリッチメントしました。
弊社のdsDNAキャプチャープローブとカラムにより合成されたssDNAプローブ（T社）との比較ではデプスに差がなく、同等の品質であることを示しています。また、別ロットのdsDNAキャプチャープローブパネルを用い、同じ条件でターゲット領域をシークエンシングした結果もほぼ同様であり、弊社の合成プローブパネルはロット間差がほとんどなく、品質が安定していることを示しています。
弊社のdsDNAプローブを用いたシークエンシングを繰り返し行った結果、データの違いはほとんどなく高い再現性が確認されています。
GenFisher Hybridization and Wash Kitには必要な試薬と磁気ビーズが含まれています。磁気ビーズは、GenFisher Capture Probes Libraryで得られたプローブと、DNAライブラリ中のターゲットDNAフラグメントとのハイブリダイゼーション産物をキャプチャーするために用います。
ハイブリダイゼーション
DNAライブラリとターゲット領域に対するプローブを混ぜ合わせる
ビーズキャプチャーと洗浄
ターゲット領域とプローブとのハイブリダイゼーション産物をキャプチャー
捕集したターゲット領域の増幅
エンリッチされたターゲットDNAライブラリを増幅しシークエンシング用に精製
ターゲットエンリッチメントを成功させるには、キャプチャープローブの品質が極めて重要です。ターゲットに最適化されたプローブを用いることにより、データを得るためのリード数を減らすことができ、シークエンスの効率が向上し、信頼性の高い結果を得ることができます。
価格および納期に関するお問い合わせは以下までご連絡下さい。24時間以内に対応させて頂きます。Email: japanmarket@genscript.com