受託CRISPR gRNA library調製
CRISPR gRNAのプールライブラリーは、ターゲット分子のハイスループットスクリーニングに最適です。このライブラリーを使用することにより、CRISPRによるゲノム編集において、遺伝子発現や転写活性化因子のノックアウトを効率的かつ特異的に行うことができます。
弊社では、Broad Instituteによるシークエンス検証済の様々なgRNAライブラリーを揃えています。(1)ヒトおよびマウスのゲノムワイドのGeCKOライブラリー、(2)ヒトおよびマウスの各遺伝子の転写活性に関するCRISPR Synergistic Activation Mediator(SAM)ライブラリー、(3)特異的機能を有するパスウェイに関するgRNAライブラリー。
CRISPRライブラリーの使用法
CRISPRによるスクリーニングは、簡便性、特異性、汎用性に優れていることから極めて有用です。ゲノムワイドのGeCKOやSAMのライブラリーは、ヒトおよびマウスの全遺伝子をターゲットとしており、各遺伝子をノックアウトあるいは転写活性化するものです。パスウェイに関するgRNAライブラリーは、Drug Gene Interaction Databaseにより同定されたターゲットをもとにデザインされており、スクリーニングをより簡便に行えるようアプリケーションに重点が置かれています。ライブラリーを増幅し、パッケージングにより宿主細胞にトランスフェクションすることにより、変異細胞株を作製することができます(図1)。変異した細胞を、ポジティブセレクションやネガティブセレクションなど特殊な条件下でスクリーニングすることにより、パスウェイにおける重要な遺伝子変異を特定することができます。

Figure 1: How to use CRISPR gRNA libraries
CRISPR gRNA ライブラリー
全ゲノム対象のノックアウト用GeCKOライブライリー
CRISPRによる全ゲノムのノックアウト(GeCKO)v2ライブラリーは、ヒトやマウスの細胞において、特定のフェノタイプの発生を欠失させる機能欠損変異の迅速なスクリーニングに有用です。弊社の8種類のGeCKO v2ライブラリーは、Broad Instituteからのライセンスに基き、すべてFeng Zhang研究室で開発されています。このライブラリーは、ヒトおよびマウスのゲノムDNAの遺伝子およびmiRNAをターゲットとする各種gRNAをプールしたものです。GeCKO v2ライブラリーにはコントロールとしてnon-targeting gRNAも含まれており、さらに高力価レンチウイルスを産生するために最適化されたレンチウイルスベクターを使用することで、初代培養細胞へのトランスフェクション効率を向上させています。GeCKOライブラリーは、ヒトやマウスの初代培養細胞、幹細胞、癌細胞、安定発現細胞株において使用されています。さらに、様々な条件下における細胞の生存に必須となる遺伝子や、癌細胞の薬物耐性機能の発現に関与する遺伝子の同定も可能です。GeCKOライブラリーのデザインや構築に関する詳細については以下の論文をご覧下さい。Sanjana N.E., Shalem O., Zhang F. Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPR screening. Nat Methods. 2014 Aug;11(8):783-4. doi: 10.1038/nmeth.3047.
GeCKO v2ライブラリーはAとB が各1/2で構成されているライブラリーで、1遺伝子当たり3個のgRNAが含まれています。両ライブラリーにはコントロールとして1000個のnon-targeting sgRNAが含まれています。また、AライブラリーにはmiRNAをターゲットとするgRNA(4 sgRNAs/miRNA)も含まれています。全ライブラリーをカバーするために両者を同時に購入して頂くことは可能ですが、その場合はより多くの細胞は必要になるため、最初はAライブラリーでのスクリーニングをお奨めします。
ライブラリーの詳細
Library | Sequence information |
---|---|
Human GeCKO Library A |
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Human GeCKO Library B |
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Mouse GeCKO Library A |
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Mouse GeCKO Library B |
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弊社のgRNAライブラリーはIndustrialグレードで、特に記載がない場合は在庫出荷で納期は通常5~7日間です。量を増やすこともできますが、その場合は納期が延びることがあります。ライブラリーに関するお問い合わせは弊社までご連絡下さい。
Catalog # | Library Name | Vectors | Amount | Price |
---|---|---|---|---|
SC1771-25 SC1771-100 SC1771-200 |
Human GeCKO Library A | pLentiCRISPR v2 | 25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock |
SC1774-25 SC1774-100 SC1774-200 |
pLentiGuide-Puro Accompanied by: pLentiCas9-Blast |
25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock | |
SC1777-25 SC1777-100 SC1777-200 |
Human GeCKO Library B | pLentiCRISPR v2 | 25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock |
SC1780-25 SC1780-100 SC1780-200 |
pLentiGuide-Puro Accompanied by: pLentiCas9-Blast |
25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock | |
SC1783-25 SC1783-100 SC1783-200 |
Mouse GeCKO Library A | pLentiCRISPR v2 | 25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock |
SC1843-25 SC1843-100 SC1843-200 |
pLentiGuide-Puro Accompanied by: pLentiCas9-Blast |
25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock | |
SC1849-25 SC1849-100 SC1849-200 |
Mouse GeCKO Library B | pLentiGuide-Puro Accompanied by: pLentiCas9-Blast |
25 µg 100 µg 200 µg |
Out-of-Stock |
GeCKOライブラリー製品規格
- 25 µgに分注された(Industrialグレード)プールライブラリーです。カタログ製品として100 µg(4 x 25 µg) および200 µg(8 x 25 µg)があり、製品にはテクニカルガイド、MSDS、COA(分析証明書)が添付されます。
- マウスGeCKOライブラリーA(デュアルベクター):
- 100 µgのプールベクター(研究用グレード)で、100 µgずつ最大900µgまで製造可能です。Industrialグレードも調製できます。
- 製品仕様書には、ABlファイルが添付され、サンガー法による小スケールテストおよびNGSテストの統計学的概要が記載されています。NGSの生データは、ご要望に応じ提供致します。
GeCKOライブラリーの使用法
GeCKOライブラリーは、ゲノムの各遺伝子とmiRNAをターゲットとする各種CRISPR gRNAをプールしたものです。各gRNAはレンチウイルスベクターにクローニングされ、レンチウイルスによる初代培養細胞や培養細胞株へのトランスフェクション効率が最適化されています。Read More »
CRISPR転写活性化SAMライブラリー
SAMシステムはゲノムワイドで強力な転写活性を誘発し、遺伝子の活性化による機能獲得スクリーニングを行うために有用です。
SAMは、ゲノムの各コーディング領域の転写機能を強力かつ特異的に活性化します。SAMライブラリーを使用することにより、機能獲得したヒト遺伝子をスクリーニングすることができます。CRISPR/Cas9 Synergistic Activation Mediator(SAM)は、内在性遺伝子の転写機能を強力に活性化するように設計されたタンパク質複合体です。SAMは、gRNAによりゲノム上の特定のローカスを得意的にターゲティングすることができます。SAM複合体にはVP64、P65、HSF1各因子の3つの転写活性化ドメインが含まれており、転写開始位置から上流200bp以内のどの位置でもターゲットとし、3因子の作用により転写を増強します。SAMシステムでは切断活性を無くしたCas9が使用されており、内在性ゲノムのDNA鎖が切断されないことを確認しています。
ヒトのゲノムワイドSAMライブラリーは、RefSeqデータベース(23,430種のアイソフォーム)にある既知のコーディングアイソフォームすべてを活性化することができるため、遺伝子の活性化による機能獲得スクリーニングに有用です。このライブラリーは、ヒトおよびマウスの初代培養細胞、幹細胞、癌細胞、安定型発現細胞におけるスクリーニングに使用されています。SAMライブラリーを使用することにより、様々な条件下で細胞の生存に必須となる遺伝子や、癌細胞において薬剤耐性能を生じる遺伝子などを同定することが可能です。
SAMライブラリーのデザインや構築に関する詳細は、以下の論文をご覧下さい。Konermann S*, Brigham MD*, Trevino AE, Joung J, Abudayyeh OO, Barcena C, Hsu PD, Habib N, Gootenberg JS, Nishimasu H, Nureki O & Zhang F. Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex. Nature, doi:10.1038/nature14136.
SAMライブラリー内容物
- 70,290 gRNA sequences;ヒトゲノム中のユニークコーディングアイソフォーム23,430種それぞれに対する、各3個のターゲティングsgRNA
- ヒトSAM gRNAライブラリーはpLenti sgRNA(MS2)_zeoベクター骨格にクローニングされています。
- ライブラリーは2種類のプラスミド、pLenti dCas-VP64_BlastおよびpLenti MS2-P-HSF1_Hygro、と共に提供されます。
SAMライブラリー製品
すべてのSAMライブラリーはIndustrialグレードで、在庫品です(通常納期:5~7日間)。発注量を増やすことはできますが、納期が長くなる可能性があります。ライブラリー製品についてのお問い合わせは弊社までご連絡下さい。
Catalog # | Library Name | Vectors | Amount |
---|---|---|---|
SC1770-25 SC1770-100 SC1770-200 |
Human SAM Library |
25 µg 100 µg 200 µg |
|
SC1754-25 SC1754-100 SC1754-200 |
25 µg 100 µg 200 µg |
||
SC1844-25 SC1844-100 SC1844-200 |
Mouse SAM Library |
25 µg 100 µg 200 µg |
機能獲得スクリーニングにおけるSAMライブラリーの使用法
SAMライブラリーは、ゲノムの転写開始点に隣接する上流域をターゲットとする各種CRISPR gRNAをプールしたものです。SAMによる機能獲得遺伝子のスクリーニングには、ヒトのゲノムワイドSAM sgRNAライブラリーの他に、2種類(dCas9-VP64およびMS2-P-HSF1)のSAM複合体を組み合わせて使用する必要があります。 Read More »

SAMライブラリー構成成分
SAMライブラリーは3成分で構成されています。
- 切断活性を無くしたしたCas9-VP64融合体
- テトラループとステムループを認識するMS2 RNAアプタマーが組込まれたsgRNA
- MS2-P65-HSF1活性化ヘルパータンパク質
異なる3つの活性化ドメイン、Vp64、p65、HSF1、が複合体として機能することにより、強力な転写活性を生じます。以下に示す通り、これらのドメインはレンチウイルスベクター内の離れた位置にコードされています。SAMが活性化されるには、これらの3成分が同時に細胞導入される必要があります。ヒトゲノムワイドのすべてのSAM gRNAライブラリーについては.csv fileをご覧下さい。
パスウェイに関するCRISPR gRNAライブラリー
パスウェイCRISPR gRNAライブラリーのプールは、パスウェイに関する重要な遺伝子のターゲットスクリーニングに最適です。Drug Gene Interactionデータベースからターゲット遺伝子を同定しデザインされたライブラリーで、パスウェイや疾患に関連する遺伝子すべてを対象にスクリーニングすることができます。すべてのgRNAシークエンスはBroad Instituteによりデザインされ検証済で、pLentiCRISPR v2ベクター内にクローニングされています。ライブラリーはIndustrialグレードで、レンチウイルスによるパッケージングが可能な状態で提供しています。このライブラリーがカバーするgRNAシークエンスの詳細はライブラリーハイパーリンクをご覧下さい。
パスウェイに関するライブラリーはIndustrialグレードで、カタログ製品です。
Catalog # | Pathway | Gene # | gRNA # | Quantity |
---|---|---|---|---|
SC1822-25 SC1822-100 |
ABC Transporter | 100 | 298 |
25 µg 100 µg |
SC1823-25 SC1823-100 |
Adult Stem Cells | 58 | 174 |
25 µg 100 µg |
SC1824-25 SC1824-100 |
Angiogenesis | 92 | 276 |
25 µg 100 µg |
SC1825-25 SC1825-100 |
Apoptosis | 68 | 204 |
25 µg 100 µg |
SC1826-25 SC1826-100 |
cAMP & calcium Signaling Pathway | 91 | 271 |
25 µg 100 µg |
SC1827-25 SC1827-100 |
Cell Cycle | 84 | 252 |
25 µg 100 µg |
SC1828-25 SC1828-100 |
Cytochrome P450 | 57 | 171 |
25 µg 100 µg |
SC1829-25 SC1829-100 |
Drug Resistance | 348 | 1044 |
25 µg 100 µg |
SC1830-25 SC1830-100 |
GPCR | 280 | 840 |
25 µg 100 µg |
SC1834-25 SC1834-100 |
Hormone Activity | 108 | 324 |
25 µg 100 µg |
SC1836-25 SC1836-100 |
Ion Channels (Potassium) | 67 | 201 |
25 µg 100 µg |
SC1837-25 SC1837-100 |
Tumor Metastasis | 60 | 180 |
25 µg 100 µg |
カタログ品のライブラリーの他に、以下のパスウェイ関連ライブラリーを調製することができます(納期3~4週間)。すべての遺伝子リストはリンクをご覧下さい。
Pathway | Gene # | gRNA # |
---|---|---|
45 | 135 | |
126 | 378 | |
94 | 281 | |
58 | 174 | |
37 | 111 | |
91 | 273 | |
134 | 402 | |
57 | 171 | |
54 | 162 | |
44 | 132 | |
34 | 102 | |
84 | 252 | |
334 | 1002 | |
84 | 252 | |
161 | 483 | |
259 | 776 | |
117 | 351 | |
289 | 867 | |
720 | 2155 | |
92 | 276 |
*プールライブラリーは最少容量25 μgで、100 μgまで調製可能です。
CRISPR gRNAライブラリー製品仕様
- ライブラリーは25 µgずつ分注されています。gRNAシークエンスはpLentiCRISPR v2ベクター内にクローニングされており、品質はIndustrialグレードです。
- ライブラリー製品にはテクニカルガイド、MSDS、COA(分析証明書)が添付されます。